Le site Natura 2000 « Site à chiroptères des Monts du Matin » est centré sur trois tunnels ferroviaires désaffectés qui abritent ensemble la plus importante colonie d'hibernation de Barbastelles d'Europe en Rhône-Alpes. Le périmètre du site englobe également une mosaïque d'habitats favorables à la chasse de nombreuses espèces de chauves-souris. Ces milieux ouverts, forestiers et aquatiques abritent aussi des amphibiens, insectes et crustacés d'intérêt communautaire.
Les principaux enjeux écologiques sur ce site sont :
Le maintien des populations hivernantes de chauves-souris,
Le maintien des pratiques agricoles extensives,
La conservation des milieux aquatiques annexes,
L'évolution de la sylviculture vers des pratiques plus naturelles.
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Retrouvez les éléments principaux concernant ce site en consultant le formulaire standard de données (FSD) (accessible sur le site de l'INPN).