L'Europe a laissé aux Etats-membres le choix de la démarche à adopter pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre des deux directives.
Ainsi, la France a choisi d'agir en concertation avec les acteurs concernés par le site en mettant en place :
- Le Comité de Pilotage (COPIL). Cette instance est chargée d’examiner, amender, valider les documents et propositions préparées et formulées par le chargé de mission Natura 2000 en collaboration avec des groupes de travail.
- Le document d’objectifs (DOCOB). Il établit un diagnostic du site et détermine de façon pratique les modalités de gestion sous forme d’actions à réaliser.
Après validation du DOCOB par le Préfet, l'animation du site se fait selon une démarche volontaire et contractuelle. L'objectif est de proposer aux propriétaires et acteurs présents sur le site des outils soutenant les actions contribuant aux objectifs du DOCOB:
- Les contrats Natura 2000 (mobilisables pour les parcelles à vocation "ni-agricoles, ni-forestières" ou pour les parcelles forestières) ou les Mesures Agro-Environnementales Climatiques (spécifiques aux agriculteurs). Ces outils soutiennent financièrement et/ou techniquement la mise en œuvre d’actions concrètes et volontaires de gestion des milieux naturels ou d'habitats d'espèces d'intérêt communautaire. Pour en savoir plus sur les contrats Natura 2000 du site, rendez-vous sur la page associée.
- La charte Natura 2000. Elle indique une liste d’engagements de « bonnes pratiques » et de recommandations à destination des usagers du site. La souscription à la charte Natura 2000 est moins contraignante que les contrats (montage administratif, conditions de réalisation). Elle permet d'aider l'usager à améliorer la gestion écologique de sa parcelle. Pour en savoir plus sur la charte du site, rendez-vous sur la page associée.
- Les évaluations d’incidences. Elles visent à concilier vérifier que les projets (travaux d'urbanisation, manifestation sportive, etc.) prennent en compte les enjeux écologiques du site sur lequel il se déroule. Pour en savoir plus sur la démarche, rendez-vous sur la page associée.